1、外形的区别：孔雀草高约30-100厘米，分枝斜着展开。而万寿菊更高一些，约50-150厘米，分枝是向上平展的。
2、叶片的区别：孔雀草叶片为羽状分裂，长约2-9厘米，宽约1.5-3厘米，裂片为线状披针形，边缘有锯齿。而万寿菊叶片相比前者更大更长，长约5-10厘米，宽约4-8厘米，裂片为披针形或者长椭圆形，也有锯齿。
3、花的区别：孔雀草为头状花序，单生。直径约3.5-4厘米，颜色为金黄色或者橙色，会带有红色的斑，花瓣较平滑。而万寿菊的花整体会更大一点，直径约6-8厘米，颜色为黄色或者暗橙色，花瓣边缘有裂齿，不平滑。