1、不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。施用微生物菌肥的时候，基施可用方法有撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分以穴施效果更佳。
2、菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能。为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在pH7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
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