正相分配色谱：流动相极性小于固定相极性。极性小的组分先流出，极性大的组分后流出。用于分离极性及中等极性物质。
反相分配色谱：流动相极性大于固定相极性。极性大的组分先流出，极性小的组分后流出。应用广泛，用于分离非极性至中等极性物质。
离子对反相色谱：在流动相中加入有机离子对试剂，用于有机酸、碱、盐的分离。
离子抑制色谱：调整流动相ph，抑制组分的解离。
按两相的物理状态可分为：
气相色谱法(GC)和液相色谱法(LC)。气相色谱法适用于分离挥发性化合物。GC根据固定相不同又可分为气固色谱法(GSC)和气液色谱法(GLC)，其中以GLC应用最广。液相色谱法适用于分离低挥发性或非挥发性、热稳定性差的物质。LC同样可分为液固色谱法(LSC)和液液色谱法(LLC)。此外还有超临界流体色谱法(SFC)。
它以超临界流体（界于气体和液体之间的一种物相）为流动相（常用CO2），因其扩散系数大，能很快达到平衡，故分析时间短，特别适用于手性化合物的拆分。
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