在保证行政指令方法的合法性和合规性方面，管理者可以采取以下措施：
法律依据：行政指令应当有明确的法律依据，管理者在制定行政指令时需要仔细研究相关法律法规，确保行政指令符合法律规定。
内部程序：建立健全的内部程序，明确行政指令的审批流程和发布机制，确保行政指令的制定过程合规。
专业意见：在制定行政指令前，可以征求法律顾问或相关专业人士的意见，确保行政指令的合法性。
透明公开：行政指令应当及时公开，让相关人员了解其内容和影响，避免行政指令的不合法性。
监督检查：建立监督机制，定期对行政指令的执行情况进行检查和评估，确保行政指令的执行过程合法。
在实际案例中，可以以公司内部政策制定为例。管理者在制定公司内部政策时，需要确保政策符合相关法律法规，例如劳动法、安全法等。可以邀请公司法律顾问参与政策制定过程，对政策内容进行审核；设立内部政策审批流程，确保政策制定程序合规；公开公司内部政策，让员工了解政策内容；定期对政策执行情况进行检查和评估，确保政策执行合法。