律师解析：
本质的区别是军事法院属于专门法院，审理军人犯罪和战时犯罪的案件，以及涉及军人的一些民事案件，不能审理其他案件。军事法庭，通俗讲就是审理军人触犯军事法律及军人在军事管理区触犯法律和非军人在军事管理区触犯法律的案件。如果军人触犯了我国刑法或者民事法律，只要不是在军事管理区，地方法院同样有权审理。
【法律依据】：
《中华人民共和国民事诉讼法》 第三十七条 有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。
人民法院之间因管辖权发生争议，由争议双方协商解决；协商解决不了的，报请它们的共同上级人民法院指定管辖。