分公司可以有独立账户。分公司一般都是非法人单位，根据管理需要，可以设立单独账户，也可以单独进行经济往来。总公司可以对账户进行规定管理，还可以通过行政要求分公司账户不能提现。分公司属于分支机构，在法律上、经济上没有独立性，仅是总公司的附属机构。并且分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。分公司的主要区别是在税务上：
1、非独立核算，不能单独开立基本账户，不能单独领用发票，可以在总公司下设单独账户，统一纳税；
2、独立核算，能单独开立基本账户，能单独领用发票但也要单缴纳税金。
法律依据：《中华人民共和国公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
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