第一，向仲裁机构申请仲裁解决。
企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了《合同》，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《中华人民共和国仲裁法》向当地仲裁机构或者双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。
第二，向工商行政管理部门投诉。
企业的商业秘密被侵犯人的不正当行当行为侵犯，可以按上述规定，向县级以上工商行政管理部门投诉，并提供商业秘密及侵权行为的有关证据。
第三，向人民法院起诉。
企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院起诉。向人民法院起诉的，要弄清人民法院的管辖范围，一般讲应向被告所住地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。订立合同的，应向被告所住地或合同履行地人民法院起诉。
第四，协商解决。
商业秘密纠纷属民事纠纷，企业单位的商业秘密受到侵害时，被侵害人可以与侵害人进行协商，要求其停止侵害并做适当赔偿，以维护自身的正当权益。
【法律依据】
《民事诉讼法》第一百二十三条，人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。