律师分析：
公司部门合并之后，被合并公司的员工，因薪酬、岗位、福利等因素会发生变化，员工可以自由选择去留，如果选择离开，员工可以向公司申请一定的补偿。
【法律依据】：
《中华人民共和国公司法》
第一百七十三条 公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
第一百七十四条 公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。
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