如果是双方共同协商的条款，是有效的。但应当是双方的合同上都有相同条款才行，因为在实践中就发生过一方持有的合同上有手写条款，而另一方持有的合同上没有相应条款时，被法院认定该条款不成立的情况。
补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
变更合同的条件是什么
(1)发生了使合同基础发生变化的客观情况；
(2)合同变更应经当事人各方协商同意，任何一方不得擅自变更合同，擅自变更的合同无法律效力；
(3)变更合同应采取书面形式，口头协议变更应有相应的证据；
(4)按我国法律、法规的规定，须由国家批准成立的合同，其内容的重大变更还应经原批准机关批准。
如果合同变更前或变更时，可能存在或发生了给当事人一方造成损失的事实，合同变更后，受损害的一方仍可要求对方赔偿损失。
当事人如果对合同变更的内容约定不明确的，视为未变更。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
《民法典》
第五百四十三条 【协议变更合同】当事人协商一致，可以变更合同。