1、外形的不同
小军鱼体呈圆筒形，吻比较圆钝，与草鱼最大的不同就是草鱼没有须，而军鱼有两对须。苦花鱼属鲤形目鲤科雅罗鱼亚科草鱼属，又被称为鲩鱼、草根、厚子鱼。苦花鱼体色青黄色，头是宽平的，没有须。
2、生活习性的不同
小军鱼一般栖息在水域的底层，性子比较活泼，喜欢群居在底层水域有乱石的地方，对水质的要求很高，小军鱼是杂食性鱼，主要食物为水生植物，如藻类、淡水壳菜，也吃一些水生昆虫及其幼虫。
而苦花鱼一般栖息在水域的中下层和靠近岸边的水草区域，而且性子活泼，喜欢成群觅食。苦花鱼一般以水生昆虫、藻类为食，也吃一些荤食如蚯蚓、蜻蜓等。