黄芩中含有一些可以水解黄芩苷的酶，但这种酶并不是很耐高温，因此将黄芩加热软化之后不仅能够将黄芩中所含的水解酶灭活掉，以防止黄芩出现变绿的情况，而且还能软化药材，也会更有利于黄芩的后续切片。
但也有一些地方认为黄芩有消毒，需要用冷水浸泡至颜色变绿去掉毒性之后再进行切制，这种黄芩也被称为“淡黄芩”。
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