菌变发酵食品包括但不限于以下几种：
1. 酱油：通过大豆、小麦等粮食和酱油酵母进行长时间自然发酵制成的调味品。
2. 味噌：以大豆、大麦、米等为原料，添加酵母发酵制成的一种调味品。
3. 味增：以米、大豆等为原料，添加酵母和盐水进行发酵制成的一种调味品。
4. 醋：以米、高粱、玉米等为原料，通过醋酸菌发酵而成的一种酸性调味品。
5. 红曲米：以糯米和红曲菌进行发酵加工制成的一种传统食材，也被用于制作红酒和料理调味。
6. 酸奶：以牛奶、羊奶、豆奶等为原料，通过乳酸菌或酸化菌进行发酵制成的一种乳制品。
7. 泡菜：以白菜、萝卜等蔬菜为原料，添加盐水和发酵菌进行发酵制成的一种酸菜。
8. 豆腐：以黄豆为主要原料，通过豆渣、卤水和卤菜等方式进行制作的传统食品。
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