法律分析：职务犯罪被告人在申请赔偿时，需要注意以下几个法律问题：
一、犯罪行为是否已经定性
申请赔偿前，需要确认犯罪行为是否已经被定性。如果犯罪行为尚未被法院判决认定，申请赔偿可能会受到影响。
二、申请赔偿时效
根据我国《民法典》的规定，申请赔偿的时效为二年。职务犯罪被告人在申请赔偿时，需要注意时效问题。
三、赔偿方式
职务犯罪被告人在申请赔偿时，需要选择合适的赔偿方式，如现金赔偿、实物赔偿、折价赔偿等。需要根据具体情况选择合适的方式。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》
第七十三条 犯罪嫌疑人、被告人在刑事诉讼程序中有权依法申请国家赔偿。
《民法典》
第一千零九十五条 国家机关、社会团体、企事业单位及其工作人员对他人的人身权、财产权或其他民事权利造成损害的，应当承担侵权责任。
第一千零九十九条 因犯罪行为侵害他人民事权益的，受害人有权要求犯罪分子、组织或者国家给予赔偿。
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