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hmmer的安装与使用
从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度，但其应用还远没有blast普及，这里是一篇入门级的介绍文章。
hmmer下载与安装
对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统，用源代码编译安装：
% wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz
% tar zxf hmmer-3.0.tar.gz
% cd hmmer-3.0
% ./configure
% make
% make check
windows系统，直接下载二进制压缩包，解压就可以使用，下载地址：
http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip
hmmer包含的程序
▪ phmmer： 与Blastp类似，使用一个蛋白质序列搜索蛋白质序列库；
▪ > phmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
▪ jackhmmer： 与psiBlast类似，蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库；
▪ > jackhmmer tutorial/HBB HUMAN uniprot sprot.fa
▪ hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；
▪ hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；
▪ hmmscan： 使用序列搜索HMM库；
▪ hmmalign： 使用HMM为线索，构建多重比对序列；
▪ > hmmalign globins4.hmm tutorial/globins45.fa
▪ hmmconvert： 转换HMM格式
▪ hmmemit： 从HMM模型中，得到一个模式序列；
▪ hmmfetch： 通过名字或者接受号从HMM库中取回一个HMM模型；
▪ hmmpress：格式化HMM数据库，以便于hmmscan搜索使用；
▪ hmmstat： 显示HMM数据库的统计信息；
使用HMM模型搜索序列数据库
1. 使用hmmbuild构建HMM模型，输入为Stockholm格式或者FASTA格式的多重比对序列文件（如：tutorial/globins4.sto），命令如下：
2. > hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
3. globins4.hmm为输出的HMM模型
4. 使用hmmsearch搜索蛋白质序列数据库，蛋白质序列数据库为FASTA格式，命令如下：
5. > hmmsearch globins4.hmm uniprot sprot.fasta > globins4.out
6. globins4.out为输出的结果文件，如下：
*示例使用
官方教程中的示例
使用蛋白质序列搜索HMM数据库
1. 构建HMM数据库，HMM数据库是包含多个HMM模型的文件，可以从Pfam、SMART、TIGRFams下载，也可以自己由多重比对序列集中构建，如：
2. > hmmbuild globins4.hmm tutorial/globins4.sto
3. > hmmbuild fn3.hmm tutorial/fn3.sto
4. > hmmbuild Pkinase.hmm tutorial/Pkinase.sto
5. > cat globins4.hmm fn3.hmm Pkinase.hmm > minifam
6. 使用hmmpress格式化数据库，包括压缩以及创建索引，命令如下：
7. > hmmpress minifam
8. 这个步骤可以很快的执行完成，输出的内容如下：
9. Working… done.
10. Pressed and indexed 3 HMMs (3 names and 2 accessions).
11. Models pressed into binary file: minifam.h3m
12. SSI index for binary model file: minifam.h3i
13. Profiles (MSV part) pressed into: minifam.h3f
14. Profiles (remainder) pressed into: minifam.h3p
15. 使用hmmscan搜索HMM数据库，命令如下：
16. > hmmscan minifam tutorial/7LESS_DROME
17. 输出如下：
18. 后记
这里主要是一个入门式的教程，介绍了hmmer的安装，以及最常用功能使用的命令示例。其他程序的使用，以及每个程序的详细参数说明，请参看官方手册，
官方文档手册（pdf）：
ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/Userguide.pdf
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» 转载文章请注明，转载自：博耘生物 » 《hmmer的安装与使用》
» 原文链接：http://boyun.sh.cn/bio/?p=1753
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23 THOUGHTS ON “HMMER的安装与使用”
1. boyun on 2011 年 10 月 25 日 at 18:30 said:
需要注意的几点：蛋白质序列，基因组数据方面，hmmer操作的对象是蛋白质数据，而不是基因组或者转录组的数据；FASTA格式，就输入序列而言，格式就是FASTA格式；hmm模型格式，多重比对格式Stockholm格式；与blast结果类似的输出结果的解读。Reply ↓
2. Pingback: 构建批量基因结构域鉴定分析平台 | 博耘生物
3. agui on 2013 年 4 月 20 日 at 19:14 said:
为什么我在运行./configure后，生成里makefile，但是不能执行make，显示make: command not found，请问怎么回事？Reply ↓
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boyun on 2013 年 4 月 24 日 at 09:26 said:
你用的是什么操作系统，是不是make没有安装？输入which make，看是否可以找到make命令。Reply ↓
4. 来自中国 on 2013 年 7 月 27 日 at 00:48 said:
你好。我到现在还是不了解hmmalign是什么意思，有什么意义，和一般的多重序列比对有何不同？它会产生数字，这又是为什么？
我同学为了做hmm模型，用hmmbuild把每个序列已知是domain的部分拼接起来，形成新多重序列，然后再用hmmscan，你说可行吗？我觉得不行，因为这些domain并不是连在一起的，测得的新序列肯定有问题。Reply ↓
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boyun on 2013 年 7 月 27 日 at 22:16 said:
多重序列比对可以由不同的算法实现，hmmalign是基于hmm模型的多重比对。我不太情况你讲的数字指的什么，我估计你指的的每个位置碱基出现的概率模型结果。将domain进行拼接再hmmscan，我认为是多余的步骤，可能造成负面的影响，不过也许
ta有另外的目的，许多时候只能用数据说话。Reply ↓
5. xndless on 2013 年 8 月 14 日 at 11:19 said:
请问HMMER程序能利用一段基因序列.fa搜索出对应的蛋白序列嘛？怎么处理的～～Reply ↓
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boyun on 2013 年 8 月 20 日 at 00:29 said:
不可以，如果想用一段基因序列搜索对于蛋白质可以使用blast。对于相似度高的序列，都可以达到很好的效果。hmmer的出现是因为两条蛋白质相似性很低，但是却有着近似的功能，为什么，是因为其有着相似的特征，而hmm模型就是这个特征的一种表示，所以要把这些相似度低，但是确实是同一家族的蛋白质，进行建模，然后通过模型再去找其他家族的成员。Reply ↓
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cuitao on 2015 年 6 月 29 日 at 14:05 said: 可以, 使用phmmer
程序Reply ↓
6. 小强 on 2013 年 8 月 19 日 at 22:54 said:
您好，我目前想搜索Pfam数据库中含有目标结构域的所有基因，并输出，这个需要使用哪个软件，如何实现，若楼主知道，麻烦告知一下。谢谢Reply ↓
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boyun on 2013 年 8 月 20 日 at 00:22 said:
pfam就是一个结构域数据库，找到你要的结构域，详细信息就会看到，也可以下载
到构建该结构域的所有基因。通常需要做的就是新的物种测序，对于远源蛋白进行预测，下载到指定格式的结构域序列，然后使用hmmer的搜索结构域搜索蛋白质库的命令对库进行搜索。Reply ↓
7. 董楚河 on 2013 年 8 月 21 日 at 13:38 said:
请问楼主，为什么我下载的windows版，的所有文件都没法运行？我的系统目前还是windowsXP.Reply ↓
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boyun on 2013 年 9 月 1 日 at 21:35 said: 你是如何运行的，没有任何输
出吗？Reply ↓
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coca on 2013 年 9 月 2 日 at 10:53 said:
windows 版下载解压后,没法打开,双击就直接跳掉了,进入不了程序
里面说明是这样介绍的,我把两个DLL文件,复制到WINDOWS文件荚是,还是不行,请问怎么回事儿,要安装什么么?谢谢
HMMER 3.0 for Windows
This suite of HMMER 3.0 modules has been compiled under CYGWIN environment
and tested to run properly under Windows XP and Windows 7 operating systems.
In order to run HMMER programs, one need to place two dll files,
cygwin1.dll and cyggcc_s-1.dll into directory, where those files can be seen by Windows, i.e.
place it in windows/system32 folder, or append the path to those files to PATH
environment variable.
Note, that when you run HMMER modules and indicate file path as a parameter, you should use path either
relative to the place, where HMMER modules located or use notation /cygdrive/c/mypath/myfile instead of
c:\\mypath\\myfile. Otherwise, you will every time get an annoing warning like this below:
cygwin warning:
MS-DOS style path detected: c:\emp\\file
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/temp/file
CYGWIN environment variable option “nodosfilewarning” turns off this warning.
Reply ↓
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boyun on 2013 年 9 月 2 日 at 12:59 said: 我已经想到了，
你犯了一个错误，界面到命令行转变必经之路，不是每个程序双击都有窗口的，因为他没有窗口界面，是一条命令，只能在命令行（dos窗口)调用。在开始->运行，中输入cmd,回车，进入dos窗口，切换磁盘，比如D:，在切换目录到你hmmer的bin目录，比如cd hmmer\\bin，输入命令，按照hmmer的手册Reply ↓
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刘雄 on 2013 年 10 月 22 日 at 22:04 said:
我已经想到了，你犯了一个错误，界面到命令行转变必经之路，不是每个程序双击都有窗口的，因为他没有窗口界面，是一条命令，只能在命令行（dos窗口)调用。在开始->运行，中输入cmd,回车，进入dos窗口，切换磁盘，比如D:，在切换目录到你hmmer的bin目录，比如cd hmmer\\bin，输入命令，按照hmmer的手册
不好意思，还是不太懂，能不能·详细说明
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boyun on 2013 年 10 月 30 日 at 13:25 said: 试着做
一下，遇到不懂的比如“cmd”，可以再搜索一下，这样你将明白了。
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赵淑婷 on 2013 年 12 月 10 日 at 16:16 said: 你好，
你这个问题解决了吗，就是转换到d盘
8. 如鱼饮水 on 2013 年 11 月 26 日 at 10:59 said: 你好，我在用hmmscan搜索时为什么会出现Error: bad format, binary auxfiles, ./TFHMM_3.hmm:
9. binary auxfiles are in an outdated HMMER format (3/b); please hmmpress your HMM file again这样的报错呢？数据库明明已经用hmmpress格式化好了。请问楼主这错误是什么意思？Reply ↓
10. cotton on 2014 年 6 月 25 日 at 16:58 said: 您好，如何获得.sto格式的多重比对文件呢，我用fasta格式总说不正确Reply ↓
11. 小志 on 2014 年 11 月 21 日 at 21:12 said: 有了神奇的BioLinux，妈妈再也不用担心安装了Reply ↓
12. Ethan on 2015 年 6 月 29 日 at 14:17 said: 您好，我下载之后，运行.exe程序，窗口一闪即过，这是怎么回事？我看您上面给解释的是需要在dos界面操作，对吗？除此之外，运行该软件是否对操作系统有要求？我的是WIN7Reply ↓
13. ling on 2015 年 7 月 16 日 at 16:32 said: 我想找某个家族，不知道这个家族的hmm数据从哪里下？Reply ↓
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