KEGG富集通路分类分为7个大类，即代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程、有机体系统、人类疾病、药物开发。
每个大类里又分成若干子类，例如代谢通路就分成整体概览图、糖代谢、能量代谢、脂代谢、核苷酸代谢、氨基酸代谢等子类，通常用DAVID等工具是对KEGG的前6大类通路进行统计分析，得出一组基因富集的KEGG通路，给出通路的ID（如hsa00010）和通路名字（如Glycolysis/Gluconeogenesis）。
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